Sie entspringt in Vioménil am Fuße des Mont Faucilles (Departement Vosges) in 392 m Höhe und mündet nach 480 km bei Lyon in die Rhône. Ihr wichtigster Zufluss ist der Doubs aus der Franche Comté. Das sieht man schon daran, dass die Saône vor dem Zusammenfluss bei Verdun-sur-le-Doubs und Saône-et-Loire "Kleine Saône" genannt wird. Die Saône ist einer der schönsten Flüsse Frankreichs: ihr geringes Gefälle und ihre regelmäßige Wasserführung machen sie zu einem ruhigen und leicht befahrbaren Wasserweg. Sie schlängelt sich zwischen befestigten Städten und den berühmten Weinhängen des Mâconnais und Beaujolais. Die Europäischen Union hat ihren ökologischen Reichtum anerkannt und sie zum Schutzgebiet Natura 2000 erklärt.